研究还发现，与食用生西红柿相比，人们食用加热后的西红柿，更能提高徊中番茄红素的抗氧化剂的浓度。这是因为高温破坏了番茄细胞的细胞壁，从而增加了番茄红素等抗氧化剂的释放。此外，西红柿在烹调过程中，常会用到花生油、色拉油等植物油，而这些油脂将帮助西红柿将番茄红素等脂溶性抗氧化剂自然释放出来，充分发挥抗氧化作用。当然，凡事有利必有弊，加热后，西红柿中的维生素C会受到损失，但是西红柿中的番茄红素和其他抗氧化剂含量却明显上升。因此，熟吃西红柿比生吃屡禁不止素菜柿的总体营养价值要高。此外，西红柿皮中含有大量的番茄红素，因此，在食用时最好不要弃皮不食。
对于维生素C缺乏的患者来说，生吃西红柿也不失为补充维生素C的一种好办法。但尚未成熟的青西红柿含有毒素，不宜食用。此外，部份西红柿因为在生长过程中使用了植物激素而表现为顶部凸出，这种西红柿也不宜食用。